民國五年（1916年），孫中山先生從日本啓程返國，雖然清帝已經退位了，但無數革命志士所期望的民主共和依舊未能實現，反而在袁世凱死後愈演愈烈，各地軍閥混戰不休，民衆苦不堪言，他們只顧自己利益，從未在乎這個國家的命運，返程路上，孫中山一直憂心忡忡。
此時的他一沒地盤，二沒兵，各個軍閥對他都懷有戒心，只想打著他的旗號圖謀自己的利益，每次請他來都是名義上給予尊崇，實際上是一點實權都沒有，也讓孫中山意識到想要完成自己的理想必須有一支聽命于自己的軍隊和可以供養軍隊的地盤，但現在哪還有自己的立足之地？
護國戰爭後，坐擁富庶的兩廣的桂系軍閥陸榮廷野心膨脹，打算以西南軍閥盟主的身份，對抗北洋政府，爲了尋求法理依據，陸榮廷親來了孫中山，打算舉著“恢複臨時約法”的旗號對抗主政北洋的段祺瑞。
民國六年（1917年），陸榮廷成立護法軍政府，尊孫中山爲大元帥，宣布和北洋政府徹底決裂，護法戰爭期間，皖系、直系、奉系三家聯合不能壓制他，也讓他徹底走上了人生的巅峰，孫中山看到了機會，派胡漢民遊說陸榮廷，將省長警衛軍20營粵籍官兵劃歸自己，此時陸榮廷覺得孫中山對于自己毫無威脅，索性做個順水人情，就把這20營粵軍交予孫中山。
此前，孫中山還掌握了一支海軍，當初因爲民國海軍不滿段祺瑞克扣軍饷，也跟隨孫中山南下廣東，至此孫中山手上有了海軍和陸軍，有了資本後，孫中山開始在陸榮廷的地盤上瘋狂的擴張勢力，加上收攬的惠州12營兵力，以此建立了大元帥近衛軍。
陸亞宋
眼看孫中山的實力越來越強，陸榮廷覺得該幹預一下了，請他來是讓他當個旗幟的，而不是讓他來奪權的。
民國七年（1918年）1月2日，在孫中山派遣近衛軍招兵的時候，陸榮廷借機命令廣東督軍莫榮新捕殺，一下死了69人，顯然這是陸榮廷對于孫中山挖自己牆角的報複，但沒想到孫中山隨後就命人炮轟廣東督軍府衙觀音山，莫榮新不得已上門請和，鑒于還在和北洋軍閥打仗，陸榮廷不得不跳出來當和事佬：我不計較你招兵，你也別怪莫榮新的“誤殺”。
民國七年（1918年）5月，隨著陸榮廷和北洋軍閥戰局逐漸穩定，陸榮廷開始打算清理後院，先取締孫中山大元帥之職，改大元帥制爲七總裁制，將孫中山排擠出去。
眼看自己在廣東待不下去了，孫中山適時提出了辭職，並且向陸榮廷建議，派自己近衛軍出征福建與皖系軍閥李厚基開戰，這個建議陸榮廷求之不得，立馬派人將孫中山連人帶兵禮送出境。
到了福建後，孫中山將粵軍交給陳炯明、許崇智、鄧铿等人指揮，自己則前往上海避居，短短一個月，粵軍先後占領了汀州、漳州、龍岩等26個縣，隨後在這裏成立了閩南護法區，雖然孫中山還在上海，但時刻派人進行監督和指導，至此閩南護法區成爲孫中山新的大本營。
許崇智
而在此期間，在閩南根基深厚的許崇智大肆招攬福建叛軍加入粵軍，而胡漢民等人則在閩南招攬廣東叛軍加入粵軍，至此粵軍得到了極大的發展。
民國八年（1919年）底，粵軍已經發展到了兩個軍共2萬人，其中包括112營、3000門各式火炮、220挺機槍以及16架飛機。
而在孫中山和粵軍蟄伏閩南的兩年了，國內局勢又發生了變化，尤其是段祺瑞和陸榮廷打了兩年，引起了長江前線的直系軍閥普遍不滿，順帶著損害了他們背後的英、美兩國的利益，而且段祺瑞讓直系與西南軍死磕，卻讓自己皖系獲得實利，在前線的直系吳佩孚決定和陸榮廷議和。
民國八年（1919年）下半年，吳佩孚和陸榮廷簽署《救國同盟軍草約》，代表直系和西南軍和解，也代表直系和皖系的決裂，而孫中山也抓住機會，私下安排山閩南粵軍私自與福建皖系李厚基議和，許諾粵軍將回廣東進攻陸榮廷，但皖系必須給饷50萬銀元、子彈600萬發，必要的時候還需要派兵協助，對于這個條件，段祺瑞當場同意。
民國九年（1920年）7月，矛盾頻頻的直系和皖系最終爆發了大戰，曹锟和吳佩孚的直系一舉擊潰段祺瑞部隊，隨後粵桂戰爭爆發，在閩南的粵軍返回廣東和陸榮廷激戰，而在戰爭白熱化的時候，孫中山長期在廣東滲透的政治力量終于發揮出能量。
民國初年形勢圖
民國九年（1920年）9月，虎門要塞司令丘渭南、廣東警察廳廳長魏邦平、廣惠鎮守使李福林接連宣布獨立，隨後黃明堂在雷州、黃志桓在欽廉起義，桂軍將領陳銘樞在前線倒戈，陸榮廷的西南護法軍政府徹底垮台，11月就灰溜溜地跑回了廣西，曾經能和直、皖、奉三系死磕數年的陸榮廷徹底倒台，至于老對手段祺瑞，也在直皖大戰中倒台了。
當然陸榮廷不甘心失敗，在廣西重整大軍後安排四路大軍進攻廣東，卻被孫中山派遣的粵軍聯合滇軍、黔軍反殺，就連廣西的地盤都保不住了，最終逃亡越南，曾經的桂系軍閥徹底解體。
陸榮廷敗退後，孫中山回到廣東恢複了護法軍政府，繼承了原先陸榮廷勢力範圍，包括粵、桂、滇、黔、川、贛南、湘南、閩南等地，當然護法軍政府只是一時，他要徹底驅逐北洋軍閥的勢力。
民國十年（1921年）1月12日，孫中山召開非常國會，就任非常大總統，與北洋軍閥分庭抗禮，而在這個期間，嫡系粵軍也大規模擴充兵力，並且招募了很多人才，包括薛嶽、葉挺、張發奎、陳可钰、李章達等人，而陸榮廷倒台後，新桂系爆發內戰，獲勝的黃紹竑、李宗仁、白崇禧尊奉孫中山。
就在形勢一片大好的時候，粵軍第一軍軍長陳炯明在吳佩孚的招攬下居然叛亂了，不得已孫中山奔赴上海避居，然後調出征福建的許崇智、李章達爲東路討賊軍，調滇軍、桂軍爲西路討賊軍，前後夾擊陳炯明，陳炯明不敵，敗退東江後依附吳佩孚。
1920年局勢示意圖
和直系結下梁子後，孫中山正式和奉系張作霖結成同盟，組成粵奉皖反直同盟，約定南北夾擊直系，而直系也沒閑著，曹锟和吳佩孚聯合逼宮徐世昌後，擁立當初被段祺瑞驅逐的黎元洪當上大總統寶座，聲稱是恢複法統，並且宣布從民國六年（1917年）5月府院之爭後所有的國會、選舉都是非法的，當然也包括廣州的非常國會和非常大總統，變相地否認孫中山的合法性。
現在孫中山有廣州大本營，還有嫡系粵軍，現在不需要看人臉色了，《臨時約法》只是臨時的，又不是固定的，現在跳出去就好了。
民國十二年（1923年）2月，孫中山重返廣州，隨後就組建陸海軍大元帥大本營，相當于用另一種政權形式徹底否定了北洋政府，隨後成立廣東省政府，由廖仲恺任省長，徹底掌握大元帥府的大權，順便還和蘇聯搭上了關系。
此時的蘇聯剛剛成立，在國際上處于孤立的地位，西方都在提防著他們，唯有在東方尋找盟友，在北洋混戰的時代，各個軍閥背後都是英美列強的影子，選來選去，只剩下孫中山了，一個需要盟友，一個需要支持，雙方一拍即合，當場簽訂《孫文越飛宣言》。
中華民國陸軍軍官學校
而爲了幫助孫中山，蘇聯不僅願意提供200萬盧布、8000支步槍、15挺機槍，順便還會派遣一些顧問前來幫助革命，而在政治顧問鮑羅廷下，原本渙散的國民黨改組成具有向心力的國民黨，除此之外，蘇聯還建議成立黃埔軍校培養軍事人才，這才有了日後的黃埔軍校。
北伐要錢、開辦學校要錢、維持軍隊要錢，蘇聯的錢只能提供一時之需，關鍵還得靠自己，在民國十二年（1923年）下半年，孫中山發起了收回“粵海關關余”運動。
所謂的關余其實就是廣東海關稅收在支付庚子賠款後的結余，約有一千萬銀元，這可是一大筆錢，一開始都是被英美掌控，護法戰爭時期，英美爲了對抗日本勢力的段祺瑞，將這筆錢給了陸榮廷，陸榮廷倒台後，英美把這筆錢交給了自己的代言人曹锟和吳佩孚，引起孫中山的不滿。
孫文
一開始孫中山照會列強，要求將這筆錢留在廣東，但英美不從，孫中山表示如果不給，那麽將改廣州爲自由埠、徹底免關稅，畢竟自己得不到，也不會讓英美賺錢。
英美一聽如何能忍得了，幾天後就聯合其他國家派遣了20余艘軍艦封鎖珠江口，想要以武力威脅孫中山，孫中山則見招拆招，默許和鼓動工人聯合海關全體職員、碼頭全部勞工集體罷工，這下子英美航船徹底完了，爲了挽回面子，英美表示退還的關余只能用于廣州治河築路市政之用，但本質上還是將錢留給了孫中山。
被拂了面子的英美不關心，暗中鼓動廣州商團叛亂，民國十三年（1924年）8月，以英國在華大買辦陳廉伯爲團長的廣州商團暗中叛亂，恰好蘇聯承諾提供的第一批武器也抵達廣州，正好對付他們，僅兩個月，就蕩平了廣州商團，至此再也沒人能夠影響大本營的後方，而北伐的事宜也提上日程。
孫文
可惜留給孫中山的時間已經不多了，在廣州商團叛亂期間，第二次直奉戰爭爆發，期間張作霖和孫中山南北夾擊曹锟和吳佩孚，最終曹锟幽禁、吳佩孚逃亡，在張作霖的邀請下，孫中山北上，實際上是去瓜分勝利果實。
民國十四年（1925年），剛剛北上不久的孫中山就病入膏肓，最終于3月12日病逝于北京，逝世前夕簽署的遺囑，包括《國事遺囑》、《家事遺囑》和《致蘇俄遺書》三個文件。在國事遺囑中，他總結了40年的革命經驗，得出結論說：“必須喚起民衆，及聯合世界上以平等待我之民族，共同奮鬥。”發出了“革命尚未成功，同志仍須努力”的號召：“余致力國民革命凡四十年，其目的在求中國之自由平等。積四十年之經驗深知欲達到此目的，必須喚起民衆及聯合世界上以平等待我之民族，共同奮鬥。革命尚未成功，凡我同志，務須依照余所著《建國方略》、《建國大綱》、《三民主義》及《第一次全國代表大會宣言》，繼續努力，以求貫徹。主張開國民會議及廢除不平等條約，尤須于最短期間促其實現。是所至囑！”雖然沒能親眼看到北伐軍北伐，但他一手奠定了北伐軍的基礎，至此北洋政府的末日徹底來臨。
毛澤東在《紀念孫中山先生》一文中高度地評價了孫中山的一生。他說孫中山是“中國革命民主派的旗幟”，強調紀念他在辛亥革命時期，領導人民推翻帝制建立共和國的豐功偉績。紀念他在第一次國共合作時期，把舊三民主義發展爲新三民主義的豐功偉績”；“孫中山是一個謙虛的人。從他注意研究中國曆史情況和當前社會情況方面，又從他注意研究包括蘇聯在內的外國方面，知道他是很謙虛的。”“他全心全意地爲改造中國而耗費了畢生的精力，真是鞠躬盡瘁，死而後已。”
