雖然自蕭道成建立南齊以來，和北魏的大大小小戰事基本就沒停過。可蕭道成並沒有因此放緩針對劉宋末年一些亂象的整改。

曆朝曆代，人口都是一個王朝強盛的根基。可由于劉宋末年，劉家宗室們忙著內鬥，導致政務廢弛，法紀紊亂，連最基本的田簿戶籍都可以錯誤百出。作爲皇帝的蕭道成想了解自己有多少子民都難以做到，深感憂慮的他便決心著手解決這個問題，爲此他找來了黃門郎虞玩之等人對戶籍問題重新核查審定，並向衆人尋求切實解決的方法。

虞玩之認爲，自從劉宋劉駿晚年開始，關于戶籍弄虛作假的行爲就日益嚴重。但在此之前的元嘉年間，相關資料還是可靠正確的，想要使戶籍得到整頓和糾正偏失，應當以元嘉二十七年的戶籍爲基准，重新制訂明確的法令。如果出現謊報隱瞞，當地州縣官吏也應該與違法者一同被治罪。蕭道成對此頗爲贊賞，下诏按照他說的去做。

考慮到和北魏作戰時，南齊境內各部落蠻人相當不老實，蕭道成決定新增一個行政區域來解決這個問題。他下令從荊州與揚州兩地分出一部分另設立巴州，任命三巴校尉明慧昭爲巴州刺史，兼任巴東太守。自此，南齊境內的州由22個增加到了23個。

蕭道成剛登基那會，重新設立了被劉駿廢除的南蠻校尉一職。但與東晉、劉宋時期荊州刺史一般不兼任南蠻校尉不同，在蕭道成次子、豫章王蕭嶷擔任荊、湘兩州刺史時卻兼任了這個職位。考慮到當時的大環境和蕭嶷的身份，此舉倒也可以理解。可等到蕭嶷離任時，蕭道成准備讓侍中王奂接任兩州刺史時再兼任南蠻校尉。但在王奂再三推辭和反對下，蕭道成終于再次取消了南蠻校尉的建置。

蕭道成的變革可不局限于這些大的方面，甚至連各地的囚犯都受到了福澤。當時各郡縣的監獄有著用有毒的湯藥殺害生病的罪囚的傳統做法，他們名義上說是要救活病人，實際上卻是在制造冤獄，制造冤情。

針對這一問題，丹陽尹王僧虔便向蕭道成建議，如果囚犯真病了，不能由當地官員擅自定奪，而是一定要先向刺史禀告。刺史再派主管刑獄的官員會同醫生一起前去診斷驗查。對于那些家住僻遠各縣的罪囚，還得要讓家人前來探望，之後才能進行處方醫治。對此蕭道成也是深表贊同，下令照辦。

要是按照這個節奏發展下去，南齊走向正軌，國力恢複無疑是早晚的事。然而意外出現了，建元四年（公元482年，北魏太和六年）二月，蕭道成的身體狀況出現了問題，病情越發嚴重。到了三月庚申日（初六），自知命不久矣的蕭道成召見司徒褚淵和尚書左仆射王儉接受遺诏，命他們輔佐太子蕭赜。兩天後蕭道成在臨光殿駕崩，享年五十六歲。

沒有了蕭道成，南齊又會走向何方呢？