中統的前身是國民黨中央組織部黨務調查科，由陳立夫于1928年創立；軍統的前身是國民黨黨團組織中華複興社（藍衣社）下屬特務處，處長是戴笠。

1935年4月，爲了統一協調情報工作，成立了軍事委員會調查統計局，陳立夫任局長，下設三個處：將原國民中央組織部調查科設爲第一處，徐恩曾任處長；將原中華複興社特務處編爲第二處，戴笠任處長；新設總務處爲第三處，丁默村任處長。

但是徐恩曾與戴笠兩人圖功心切，雙方互不相讓。特別是戴笠，仰仗蔣的信任，往往越過陳立夫直接向蔣介石請示，在蔣的縱容下，陳立夫對戴笠的節制形同虛設；這使得軍統與中統的競爭中更加強勢。

1938年8月，軍事委員會調查統計局撤銷，並對第一處和第二處進行了擴建改編：

將原來第一處擴充爲國民黨中央執行委員會調查統計局，簡稱中統，國民黨執行委員會秘書長兼任局長，徐恩曾任副局長。中統自此以各地的國民黨黨部爲基礎，在此基礎上設置調查統計室，主要影響力集中于文教領域，如文化團體和大專院校等，在抗戰中日漸失勢。

第二處擴充爲國民軍事委員會調查統計局，簡稱軍統。賀耀祖任第一任局長，戴笠任負責主要工作的副局長，後戴笠長期任局長直至1946年3月飛機失事喪生。軍統的職責除負責刺探情報、進行反諜工作外，軍統局亦以刺殺等手段執行情報任務。1942年，中美合作組織成立，3000名美國人被派往中國與軍統聯合作戰，中國建立了兩國針對日本的相互情報收集實體，同時也是兩國之間的聯合培訓項目。

第三處則遭撤銷解散。

改組後的中統和軍統並立，本應該將各自業務劃分清晰，各有所司，但雙方摩擦頻發，甚至發生糾紛。隨著抗戰的爆發，軍統的作用更加明顯，加上蔣的支持和戴笠自身的領導能力突出，使得軍統在各方面都強壓中統。

抗戰結束後，1946年7月1日，國民黨軍事委員會調查統計局正式宣告結束，改組爲國防部保密局，局長爲鄭介民，毛人鳳任副局長。

蔣介石政權敗退台灣後，部分保密局（前軍統）成員滯留大陸從事情報活動，但遭到大陸政府的嚴厲鎮壓。截止50年代末其殘余勢力基本上被清洗肅清。

在台灣，保密局于1950年恢複建制，總部設于台北士林芝山岩，繼續進行情報搜集工作。1955年保密局改組爲國防部情報局，主要負責情報收集和戰略分析，其他部分業務如偵查調查、情報對抗等工作轉交司法部調查局負責。1985年7月1日，情報局與國防部特種情報室合並，成立國防部軍事情報局，此部門隸屬于國防部，受總參謀長直接指揮。

而中統則于1947年4月更名爲中國國民黨黨員通訊局，除黨部和黨派調查室之外，其他部門轉至業務相關的其他政府部門，但仍舊受黨員通訊局的統一指揮。後幾經改組，現爲法務部調查局。

總結一下，對于中統和軍統的主要區別在于：

機構性質：

中統是隸屬于中國國民黨執行委員會下屬的情報機構，其主要職責是收集、分析和處理黨內外的情報，影響範圍主要在黨內。

軍統是國民政府軍事委員會下屬的情報機構，其主要職責是爲國民黨軍隊提供情報支持，活動範圍主要在軍事領域。

領導層：

中統背後的掌控者實際爲陳立夫、陳果夫兄弟。

軍統的領導層則由蔣介石的親信戴笠掌控，因此影響力更大，特別是在抗戰期間。

工作範圍：

中統的工作重心主要在黨務，並在文教領域發揮作用，包括打擊反對黨與社團、監控文化團隊、控制社會輿論等。

軍統的工作主要在軍隊和軍事領域，包括收集軍事情報、執行對日僞核心執行監視和暗殺等任務。

作用和影響力：

中統在國共內戰前期對國民黨內部的控制和影響較大，但隨著國共內戰的發展和戰局的變化，其地位逐漸下降。

軍統在國共內戰期間對國民黨軍隊的情報支持起到了重要作用，對敵人的暗殺和滲透也發揮了一定影響。

綜上所述，中統和軍統在組織性質、領導層、工作範圍和作用等方面存在著區別，但它們都是國民黨的情報機構，對國民黨的政治、軍事活動産生了一定影響。