1953年9月，麥卡錫通過他的好友聯邦調查局局長胡佛，要聯邦調查局調查中情局人員科德・邁耶的情況。

邁耶是艾倫・杜勒斯在1951年親自招募到中情局來工作的。按照杜勒斯的說法，“邁耶具有創業時代中央情報局人員的典型氣質：嚴格按照自己的信仰辦事，堅信美國的正義和個人自由，一旦要爲美國的自由去鬥爭，他會不顧一切地去奮鬥。”

邁耶對艾倫・杜勒斯佩服得五體投地。他對人說：“杜勒斯在我心目中的印象，是我立志投身于中央情報局的決定因素。他快樂和坦率的外表下有著一種孜孜不倦的探索精神，他有著豐富的之十，有這樣一位之十淵博的人來掌舵，是值得在中央情報局工作的。而且杜勒斯還是在別人最困難時樂于助人的最忠誠、最勇敢的朋友。”

正因爲邁耶是艾倫・杜勒斯親自招募的，而且對他又是死心塌地地追隨，所以，不出邁耶所料，杜勒斯再次頂住了麥卡錫的挑戰，他拒絕聯邦調查局的人來審問邁耶。他堅持說：“邁耶是中央情報局人員，他是否是又一個‘希斯’，這只能由中央情報局自己來處理。”爲此，杜勒斯召集了一次旁證會進行內部調查，這樣做就可以推卸責任，以免日後被人指責是在包庇下屬人員。

感恩節那天，邁耶突然接到艾倫・杜勒斯的電話。杜勒斯向他表示祝賀。他說：“我給你帶來了一條好消息。對你的秘密審查工作已經結束，宣布你無罪，根據總顧問和安全處處長的建議，認爲你繼續在中央情報局工作符合國家的安全利益。”1954年，邁耶又被任命爲計劃處國際組織科科長。

艾倫・杜勒斯保護邁耶的消息很快在中情局內和首都華盛頓傳開了。艾倫・杜勒斯的行動和他當國務卿的哥哥約翰·杜勒斯形成了鮮明的對照。艾倫敢于頂住麥卡錫的囂張氣焰，而約翰卻沒有勇氣這樣做。有人開玩笑地說：“中央情報局是艾倫的中央情報局，而國務院卻不是約翰的國務院。”

艾倫・威爾遜・杜勒斯

其實，艾倫・杜勒斯也是迫不得已。如果任由麥卡錫往自己臉上抹黑，對走卒坐視不顧，那麽誰還肯爲他杜勒斯賣命呢？從根本上說，杜勒斯與麥卡錫在反動立場上並行不悖，他們之間的勾心鬥角只是爲了爭權奪利。面對自己的“地盤”受到侵害，杜勒斯特地挑選柯克帕特裏克和赫爾姆斯對付麥卡錫的調查。

他們采用兩種方法來對付：一種方法是，趁機清除那些從安全角度考慮“不可靠的人”，同時，把清洗的責任全都推到麥卡錫的身上；另一種方法是借保密法之名，堅持局內調查，不向麥卡錫提供可能被他抓住把柄的材料，以保護“忠誠者”。

由于史密斯是自己的老上級，因此杜勒斯接受了一些史密斯安插到中情局的麥卡錫的朋友們，但與此同時，杜勒斯忙于把自由派人物網羅進來，其中包括特雷西・比斯爾、萊曼・柯克帕特裏克、托馬斯・布雷登。

艾倫・威爾遜・杜勒斯

艾倫・杜勒斯鬥贏了麥卡錫，使中情局在社會上的聲譽頓時提高了，吸引了許多社會上的精華力量和名牌大學畢業生，他們紛紛加入到這個秘密機構中來，內部士氣十分高漲。杜勒斯在中情局內暗中培養一種“團結”精神，他鼓勵中情局人員之間的婚姻（一個優點就是，雙方都經過安全甄別），同時還鼓勵組織橋牌俱樂部，以促進組織的凝聚力。

麥卡錫主義造成了一個引人注目的結果：在史密斯和艾倫·杜勒斯擔任中情局局長期間，在一些重大的、關鍵性的問題上，中情局取代了國務院的作用，執行著美國的對外政策。中情局在國內的地位和威望的提高，爲艾倫・杜勒斯從事隱蔽行動創造了有利條件。國務院與中情局如此親密的關系，使後者能夠輕而易舉地挫敗了國會成立某些委員會來監督其活動的企圖。艾倫・杜勒斯曾經相當自信地說：“同世界上任何其他國家的情報相比，我們的情報在政府中享有影響更大的地位”。